吴赤乌二年（公元239年），孙权开凿潮沟，北接玄武湖，以引江潮。
吴宝鼎二年（公元267年），后主孙皓建昭明宫，开城北渠，引后湖水流入新宫，巡绕殿堂。
晋大兴三年（公元320年），晋元帝司马睿始创北湖筑长堤，以遏北山之水，东至覆舟山西至宣武城。
刘宋元嘉年间（公元424年-公元453年），宋文帝以覆舟山南为北苑，后造楼观于覆舟山，改曰乐游苑。
刘宋元嘉五年（公元428年）正月五年正月甲申，宋文帝车驾临玄武馆阅武。
刘宋元嘉二十三年（公元446年），宋文帝下诏筑北堤，造华林园、玄武湖，并使张永监统。张永开玄武湖遇古冢，冢上得一铜斗，有柄。文帝以访朝士。承天曰：“此亡新威斗。王莽三公亡，皆赐之。一在冢外，一在冢内。时三台居江左者，唯甄邯为大司徒，必邯之墓。”俄而张永又启冢内更得一斗，复有一石铭“大司徒甄邯之墓”。
刘宋元嘉二十五年（448年）五月丁丑，黑龙见玄武湖北，苑丞王世宗以闻。五月戊戌，黑龙见玄武湖东北隈，扬州野吏张立之以闻。
刘宋孝建二年（公元455年）六月庚寅，玄武湖二莲同干。
刘宋大明三年（公元459年），宋孝武帝开大窦，引水入华林园玄渊池，复贯穿宫液。
刘宋大明五年（公元461年），“立驰道，自承明门至玄武湖”。
刘宋大明七年（公元463年）正月诏曰：克日於玄武湖大阅水师，开巡江右，讲武校猎。
刘宋元徽四年（公元476年）同年七月，“建平王刘景素举兵，萧道成屯于玄武湖以备之。”
齐永明二年（公元484年）八月戊申，齐武帝车驾幸玄武湖讲武。
齐永明十年（公元492年）十月，齐武帝幸玄武湖讲武。
齐永泰元年（公元498年）“王敬则举兵会稽，至曲阿（今镇江丹阳），诏沈文季屯湖头，备京口路。”
梁中大通三年（公元531年）三月，萧统泛舟后湖，不慎落水染疾去世，享年31岁，谥号昭明，后世称昭明太子，所著《文选》也被称作《昭明文选》。
梁大同四年（公元538年）九月，梁武帝阅武于乐游苑。
梁太清二年（公元548年）侯景作乱，邵陵王纶自京口入援，由蒋山而进军玄武湖侧，为景所败。景列兵绕台城，百道进攻，久之不能陷。乃引玄武湖水灌台城，阙前皆为洪流。
梁简文帝有寒夕诗云：“雪花无有蒂，冰镜不安台。”又咏月云：“飞轮了无辙，明镜不安台。”后人以为诗谶。谓“无蒂”者，是无帝。“不安台”者，台城不安。“轮无辙”者，谓王纶空有赴援名也。
梁太平元年（公元556）六月，北齐军潜逾钟山，至玄武湖西北，陈蒨馈米三千斛、鸭千头。陈霸先乃炊米煮鸭，人人以荷叶裹饭，混以鸭肉数脔，从此，“荷叶裹鸭”成为金陵佳肴20、陈大建十一年（公元579年）八月丁卯，陈宣帝幸大壮观阅武，命都督任忠领步骑十万，阵於玄武湖。都督陈景领楼舰五百，出于瓜步江。
陈至德四年（公元586年）九月甲午，陈后主幸玄武湖阅武，作《幸玄武湖饯吴兴太守任惠》诗，其中“寒去轻重色”一句后来成为唐朝进士应试题。